Im frühen 15. Jahrhundert begannen sich die Inquisitionsprozesse gegen die Ketzersekten mit denen gegen Hexen allmählich zu vermischen. Sie unterschieden sich in den Anklagepunkten nicht mehr wesentlich voneinander. Immer häufiger wurde der Pakt mit dem Teufel zum Vorwurf gemacht.
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Es war der Dominikaner Heinrich Kramer, der 1486 mit seinem Werk "Der Hexenhammer" auf über 500 Seiten ausführlich darlegte, woran man Hexen erkenne, welchen Schaden sie anrichteten und wie mit Hexen zu verfahren sei. Er bezieht sich dabei oft und gerne auf die vielen Schriften von Thomas von Aquin, der bereits zur Mitte des 13. Jahrhunderts mit seinen Anfeindungen gegen Frauen und den Warnungen vor der Macht des Teufels den Grundstein für die späteren Hexenverbrennungen legte. Es ist bezeichnend und beschämend zugleich, dass die Kirche Thomas von Aquin bis heute als Heiligen verehrt.
Nachdem Kramer schon seit einigen Jahren als Inquisitor in Teilen Deutschlands unterwegs war und dabei durchaus auf Widerstände stieß, wurde er 1484 von Papst Innozenz VIII. zum Großinquisitor von ganz Deutschland ernannt.
Um weitere Widerstände von vornherein zu unterbinden, verfasste Kramer das „unheilvollste Buch der Weltliteratur“ (Siegmund von Riezler, 1896) und stellte in unlauterer Manier seinem Hexenhammer die Bulle Summus desiderates voran, in der der Papst die Hexenlehre offiziell bekräftigte. Die Boshaftigkeit und Durchschlagskraft des Hexenhammers nährt sich aus heutiger Sicht nicht zuletzt daraus, weil Heinrich Kramer den Eindruck vermittelte, sein Werk wäre mit päpstlichem Segen abgefasst. Von Hexenjägern als das Standardwerk schlechthin gelobt, hat der Hexenhammer in 29 Auflagen bis 1669 einen ganz erheblichen Anteil zur ethischen Sichtweise der Sittenwächter, aber auch zur geistigen Grundhaltung des unterrichteten Volkes beigetragen.
Der parawissenschaftliche Anschein des Werkes übertünchte bei den Befürwortern jeden Zweifel daran, im Hexenhammer die Legitimationsgrundlage ihrer Hexenverfolgungen zu sehen. Einschränkend muss gesagt werden, dass der Hexenhammer zu jener Zeit nicht die einzige umfassende Abhandlung über das Hexenwesen war. Manch andere Werke diesbezüglich waren sogar weiter verbreitet, z. B. der Tractatus de Hereticis et Sortilegiis von Paulus Grillandus aus dem Jahre 1524, oder sogar radikaler, wie der Tractatus de confessionibus maleficorum et sagarum des Trierer Weihbischofs Binsfeld aus dem Jahre 1589.